那么究竟怎么解决这个两难问题呢，机器世界采取一个办法，设立矩阵！！。一开始他们仅仅是通过矩阵采集被人类（即使那些看似被当作电池的人类，其实，本质上机器文明需要的是人类的创造力，而不是生物电能）已经筛选出来的有价值的创新理论，但由于人类的反抗性（即是电影当中被矩阵困住的人的反抗行动），一直依赖人类并不可靠，于是矩阵的不断升级，并最终矩阵革命（对应于黑客帝国第三部《矩阵革命》），机器文明彻底摆脱了人类而独立能进行创新，矩阵世界就是他们创新的基地。

他们采取的办法是通过矩阵与外部机器世界的相对隔离，允许在矩阵内部的机器程序具有独立的个性自由，能够自由变异，而在外部机器世界发生变异的程序，也不再是直接消灭，而是可以通过送入矩阵加以保存，然后再在矩阵内部进行淘汰筛选，再把筛选后产生的有价值的新程序送到外部机器世界加以利用。这就可以完满的解释在矩阵系列的电影发生的一切事件，包括在矩阵革命中的那个小女孩和她的父母。

通过这个办法，机器文明似乎在一定程度上既保留自己原有的特点，同时也避免了自身文明进化的两难局面。如果事情只是如此，应该说机器文明的发展就是太一帆风顺了，也就不会有我们现在所看到的变形金刚了！

稍微思考一下，就会发现机器文明在实现了矩阵革命之后并非万事大吉，依然有隐患。最显著的一点是，矩阵内部充斥满了各种不同类型的变异程序，或者也可以说不同个性不同思想的独立意识，而在矩阵外部的机器文明本体，则由于其高度协同性一致性，几乎可以看成是一个单独的意识来对待。

这样隐患危险来自几个方面：首先矩阵外部的机器文明本体，其程序发生有害变异并且无法及时把这种变异隔离送入矩阵内部的可能性依然存在，而一旦这种情况发生，由于机器文明本体意识的单一性，带来的后果可能是致命的灭顶之灾，甚至可能连相对隔离的矩阵体系也被连带毁灭。

其次矩阵内部各种变异程序可以在矩阵本身设定的规则（这个本身就是模拟生物社会的情形）范围内自由发展，问题是矩阵和机器文明之间隔离是否能绝对有效的防止一切变异程序的渗透，而一旦发生这种意外的渗透，同样可能对机器文明产生违背初衷的后果。

而且按照机器文明设立矩阵的目的，矩阵内部的基础理论革新会永远走在矩阵外部的机器文明之前，而机器文明充其量只能在矩阵的理论革新输出之后，在此基础上技术革新领域尽可能快速发展走在矩阵之前，但是否永远能如此，则无法确保，这种机器文明相对于矩阵基础理论的滞后发展，同样可能带来无法预料的危险后果。

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